La chiesa conserva ancora oggi la struttura architettonica e in parte ornamentale così come progettata dal Bellotti, seppur rimaneggiata durante gli ultimi restauri nel 1961 ad opera dell’arch. Francesco Moglia.

La fronte principale su Piazza Ponti (1) anticipa la decorazione dell’interno. Al centro, sopra il portale d’ingresso, si trova un affresco di Biagio Bellotti che raffigura S. Antonio eremita. Sopra al portale, una grande vetrata policroma del 1938 dà luce alla chiesa. Chiude la facciata il timpano triangolare con il motivo in stucco “a rocaille”. Nel fianco (2), che dà su Via della Pace, è ancora visibile l’ingresso secondario della chiesa, seppur murato e una lapide del 1680 ricorda la presenza delle Confraternite di S. Marta e di S. Luigi. La facciata posteriore (3), rivolta su Corso Italia, è opera recente ed è legata ai restauri degli anni ’60. E’ rivestita con lastre di coppo mezzano, presenta un portale seicentesco, proveniente dalla Parrocchiale di Lonate Pozzolo.

In una nicchia vi è collocata la statua di S. Carlo del XVII secolo. Nel piccolo campanile moderno sono state collocate le tre antiche campane. L’interno risulta dall’innesto di una pianta ellittica (la zona riservata ai fedeli), con una pianta centrale (il coro delle monache), sul presbiterio rettangolare. Un documento dove veniva siglato il permesso di poter raccogliere acqua dal pozzo presente nell’ex Casa Pasta, a fianco della sacrestia della chiesa, ha infatti più volte permesso di avanzare l’ipotesi che la chiesa fosse in stretto collegamento con detta casa e che questa fosse in origine il monastero delle monache.

Nello spazio riservato ai fedeli, sulle pareti laterali (4), in quattro riquadri, Biagio Bellotti raffigura episodi della vita del Santo: “L’Incontro con S. Paolo eremita morente”; “Il Vescovo consegna un mantello per proteggere S. Paolo”; “Il viaggio di ritorno scortato da un angelo”; “La scoperta del corpo di S. Paolo a cui i leoni stanno scavando la fossa”. Al centro della volta “S. Antonio in gloria”, retto da una schiera di angeli (5). Sull’altare di sinistra (6) l’affresco con “Maria Vergine Addolorata sostenuta da due donne”, è quello che resta dell’altare originario che prevedeva sotto l’affresco, chiuso da un cancelletto, un “Cristo morto ” in cartapesta, oggi conservato nell’ altare del Crocifisso, in Basilica. Di fronte, l’altare (7) ospita una scultura del gallaratese Giuseppe Rusnati raffigurante S. Marta.

Nel presbiterio, l’altare maggiore (8) a tempietto, di forme barocchette con marmi policromi, è composto da un’edicola coronata da gruppi di angeli e, al centro, è situata la statua di S. Antonio Abate.

Nel coro, sulle pareti, gli affreschi del Bellotti con i due riquadri raffiguranti a sinistra “S. Marta che prega Cristo di resuscitare Lazzaro” (9) e a destra “Gesù in casa di Marta” (10), al centro della volta “S. Marta in gloria” (11). Chiude la parete del coro la bella cantoria barocca (12) con un organo della bottega Maroni Biroldi, inserito in una cornice lignea policroma e dorata, sormontata dal busto di S. Antonio Abate.

Le vetrate, eseguite su progetto di Silvio Zanella nel 1962, propongono episodi della vita di Gesù.